<span style="font-family: Times; font-size: medium;">Dear community,</span><div style="font-family: Times; font-size: medium;"><br></div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">I registered a T1 MRI brain scan to the MNI152 template, for this task I use "itkCenteredTransformInitializer" and "itkVersorRigid3DTransform".</div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">My images and the template have different direction: [1, -1 ,1] and [-1,-1,1]. </div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">As the last step of registration process I use the resulting transform to map my image into the template space by using "itk::ResampleImageFilter". As spacing, origin, size and direction  of the output image I pass those of the template. </div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">For example: (i.e. resampler->SetOutputDirection( fixedImage->GetDirection() )). </div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">Finally I get back to the original space:</div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">I pass the inverse rotation matrix (matrix.GetInverse()) and offset * (-1) into an itkAffineTransform.   </div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">Is this procedure correct?</div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">I have to pass the center of rotation? </div><div style="font-family: Times; font-size: medium;"><br></div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">Thank in advance for any help</div><div style="font-family: Times; font-size: medium;">Rosangela</div>