<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi Matt, <br></div>Thanks for your answer, <br><br></div>And I dont actually see what you mean exactly, could you please elaborate a bit more ? <br><br></div>From what I understood, I should make this const iterater walks the mask image, and when he comes across a value that is different from zero I should save the index which would be the starting index of my region. <br>
<br></div>Is that it ? <br><br></div>And if so, there would be a problem I think, because I dont have one region of interest but have two or three sometimes. <br><br></div>So how could I determine the size and starting index in that case ? <br>
<br></div>Thank you in advance for your answers, <br><br></div>Iyas<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 21, 2014 at 10:44 PM, Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Iyas,<br>
<br>
One option would apply the ImageLinearConstIteratorWithIndex [1] to<br>
find the starting index and size that define the ImageRegion.<br>
<br>
HTH,<br>
Matt<br>
<br>
[1] <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageLinearConstIteratorWithIndex.html" target="_blank">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageLinearConstIteratorWithIndex.html</a><br>
<div><div class="h5"><br>
On Fri, Feb 21, 2014 at 8:19 AM, Iyas Hamdan <<a href="mailto:iyas.hamdan@gmail.com">iyas.hamdan@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
> I'm working on a 2D registration methode. I'm using an affine transformation<br>
> with the metric being the mutual information.<br>
><br>
><br>
> The point is that I dont want to consider the whole fixed image in the<br>
> registration process, so what I should do is choose a region of interest.<br>
><br>
> I have a binary image with a value of 1 where I want to take the pixels in<br>
> consideration ( my ROI ) and 0 elsewhere.<br>
><br>
> I tried to set the metric fixed image mask to my binary image (using<br>
> spatialobjectmask)<br>
><br>
> But sometimes I get the next error : "A spacing of 0 is not allowed" even<br>
> thought I'm not changing the spacing at all!<br>
><br>
> But since the region I want to focus on is a rectangle, I thought maybe it<br>
> would be easier to use FixedImageRegion for the registration process not for<br>
> the metric.<br>
><br>
> So, my question is, how can I pass my mask to the FixedImageRegion function<br>
> ?<br>
><br>
> Thanks<br>
><br>
> Iyas<br>
><br>
</div></div>> _____________________________________<br>
> Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
><br>
> Visit other Kitware open-source projects at<br>
> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
><br>
> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
><br>
> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
><br>
> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
> <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Community mailing list<br>
> <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
> <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
><br>
</blockquote></div><br></div>