<div dir="ltr">Nookie,<div><br></div><div>In addition to the method that Andras suggested,</div><div><br></div><div>an alternative could be to rasterize your current 2D contours, to reconstruct a 3D binary mask image,</div>
<div>and then use the itkBinaryMask3DMeshSource.h to extract the surface of the whole 3D structure.</div><div>That will produce a Mesh that you can then transform to the target space.</div><div><br></div><div> HTH</div><div>
<br></div><div>    Luis</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 13, 2014 at 7:09 AM, nookie <span dir="ltr"><<a href="mailto:limpforlife@aol.com" target="_blank">limpforlife@aol.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Luis,<br>
<br>
Thanks for the answer.<br>
<br>
But unfortunately I think that doesn't solve my problem because of what you<br>
mentioned in the end.<br>
<br>
I have the coordinates of the contour vertices (in patient space) for each<br>
slice in my planning CT and the 3D deformation field achieved with a bSpline<br>
registration (outside ITK) between the planning CT and a CBCT.<br>
If I would simply map my contour points they will migrate out of plane in<br>
most cases and therefore I could not reconstruct the contours in each slice<br>
of my CBCT.<br>
That's why I think I need to build a mesh first and then segment the 2D<br>
contours for each slice in the CBCT after mapping the whole surface.<br>
<br>
Do you have any idea how to do that the best way with the ITK functionality?<br>
<br>
Thanks!<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://itk-users.7.n7.nabble.com/Warping-2D-contours-in-3D-tp33168p33195.html" target="_blank">http://itk-users.7.n7.nabble.com/Warping-2D-contours-in-3D-tp33168p33195.html</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">Sent from the ITK - Users mailing list archive at Nabble.com.<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>