<div dir="ltr">Matt!!!<div><br></div><div style>Here is my CMakeLists.txt ::</div><div style><br></div><div style>*********************************************************************************************************</div>
<div style><div># This project is designed to be built outside the Insight source tree.</div><div><br></div><div>cmake_minimum_required(VERSION 2.4)</div><div>if(COMMAND CMAKE_POLICY)</div><div>  cmake_policy(SET CMP0003 NEW)</div>
<div>endif()</div><div>PROJECT(RegMeth)</div><div><br></div><div><br></div><div># Find ITK.</div><div>FIND_PACKAGE(ITK)</div><div><br></div><div>IF(ITK_FOUND)</div><div>  </div><div>INCLUDE(${ITK_USE_FILE})</div><div><br>
</div><div>ELSE(ITK_FOUND)</div><div>  MESSAGE(FATAL_ERROR &quot;Cannot build without ITK.  Please set ITK_DIR.&quot;)</div><div><br></div><div>ENDIF(ITK_FOUND)</div><div><br></div><div><br></div><div>ADD_EXECUTABLE(RegMeth RegMeth.cxx )</div>
<div><br></div><div>TARGET_LINK_LIBRARIES(RegMeth ${ITK_LIBRARIES}  )</div><div><br></div><div>*******************************************************************************************************************</div><div>
<br></div><div style>The problem is  in the Target_LINK_LIBRARIES, may be?? </div><div style><br></div><div style>Regards!!</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/10/16 Matt McCormick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Hana,<br>
<br>
What does your CMakeLists.txt look like?<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, Oct 16, 2013 at 12:18 PM, Hana Cherif &lt;<a href="mailto:hanacherif62@gmail.com">hanacherif62@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; thank you Christin, I mean &#39;itkImageRegistrationMethod.h&#39;!! This file exists<br>
&gt; in itk include&#39;s folder ,, This why i thought that i must add additional<br>
&gt; include directories in my path,,<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; 2013/10/16 Chr. Rossmanith &lt;<a href="mailto:cr@neuro.ma.uni-heidelberg.de">cr@neuro.ma.uni-heidelberg.de</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Try without &#39;e&#39; -&gt; itkImageRegistrationMethod.h  not ...Methode.h<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Christina Rossmanith<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Am 16.10.2013 08:35, schrieb Hana Cherif:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I got this error Matt, when i try to compile my code by gcc compiler :&#39;&#39;<br>
&gt;&gt; itkImageRegistrationMethode.h&quot; No such file or directory compilation<br>
&gt;&gt; terminated!!!!!!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Although i have compiled itk and my project with RelWithDebInfo as type of<br>
&gt;&gt; CMakeBuild!!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks,,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 2013/10/15 Hana Cherif &lt;<a href="mailto:hanacherif62@gmail.com">hanacherif62@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Thank you so much Matt,,  for all these informations!!<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; 2013/10/15 Matt McCormick &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Hana,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Adding additional include directories should not be necessary.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; However, when compiling ITK and your project, make sure to set the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; CMAKE_BUILD_TYPE to Debug or RelWithDebInfo, which will add the &quot;-g&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; flag when compiling.  This adds the symbols (names of functions and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; variables) to the output executable so gdb knows what it is looking<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; at.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; HTH,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; PS. Please reply-to-all to keep messages on the list.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On Tue, Oct 15, 2013 at 7:29 PM, Hana Cherif &lt;<a href="mailto:hanacherif62@gmail.com">hanacherif62@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Yes Matt,,i tried to do that [1] ,, but tell me please how can i add<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; additional include directories to my path (I use gdb debuger) ?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; [1]: <a href="http://doc.ubuntu-fr.org/gdb" target="_blank">http://doc.ubuntu-fr.org/gdb</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Regards!!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; 2013/10/15 Matt McCormick &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Hi Hana,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Examining the program in a debugger [1] like GDB should help.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; [1] <a href="http://software-carpentry.org/v3/debugging.html" target="_blank">http://software-carpentry.org/v3/debugging.html</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; On Tue, Oct 15, 2013 at 5:06 PM, Hana Cherif &lt;<a href="mailto:hanacherif62@gmail.com">hanacherif62@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Hello every body!!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; When i tried  to run the executable results from my own<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; registration<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; program,, I got this error :<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;  /usr/local/include/ITK-4.4/vnl/vnl_matrix.h:207: T&amp;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; vnl_matrix&lt;T&gt;::operator()(unsigned int, unsigned int) [with T =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; double]:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Assertion `c&lt;cols()&#39; failed.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Aborted (core dumped)<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Note that the compilation of that program has been completed<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; successfully!!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; What can be the source of this error pleaaaase help!!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Thank you in advance!!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; _____________________________________<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
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&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Community mailing list<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
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&gt;&gt; _____________________________________<br>
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&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt;<br>
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&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _____________________________________<br>
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&gt;&gt;<br>
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&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt;<br>
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&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
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