<div dir="ltr"><div>Hello again,<br><br></div>I&#39;ve found this snippet of code on ITK/VTK forums:<br><br><pre><code>FlipFilterType::Pointer flipperImage = FlipFilterType::New();
bool flipAxes[3] = { false, true, false };
flipperImage = FlipFilterType::New();
flipperImage-&gt;SetFlipAxes(flipAxes);
flipperImage-&gt;SetInput( image );
flipperImage-&gt;Update();<br><br></code></pre><pre><code><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Is this an appropriate filter to run my output images (and vector images) through just before visualization, or will vector images cause a erroneous results with this?<br>
<br>Thanks again,<br></span></code></pre><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 12, 2013 at 12:31 PM, Tim Bhatnagar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tim.bhatnagar@gmail.com" target="_blank">tim.bhatnagar@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello all,<br><br></div>Could someone help me understand how the coordinate system of my ITK-produced displacement field (from image registration) can be &#39;flipped in the y-direction&#39; to match my input image coordinate systems?<br>

<br></div>I was pointed to this source: <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer:VTK_ITK_Coordinates" target="_blank">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer:VTK_ITK_Coordinates</a> , but I&#39;m not sure if that means I should just only flip (ie take the negative of) my y-coordinates, or if there are other adjustments that need to be made (ie, if I just &#39;flip&#39; my y-axis, my x-y-z coordinate system will no longer be orthogonally correct).<br>

<br></div>A bit of an explanation would really help. Thank you!<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 9, 2013 at 11:06 AM, Matt McCormick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Tim,<br>
<br>
If viewing the data with VTK or other library, deformation in the<br>
negative y-direction should be taken with care because of a difference<br>
in coordinate systems [1].<br>
<br>
HTH,<br>
Matt<br>
<br>
[1] <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer:VTK_ITK_Coordinates" target="_blank">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer:VTK_ITK_Coordinates</a><br>
<div><div><br>
On Wed, Oct 9, 2013 at 5:59 PM, Tim Bhatnagar &lt;<a href="mailto:tim.bhatnagar@gmail.com" target="_blank">tim.bhatnagar@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Thanks Matt,<br>
&gt;<br>
&gt; It is strange then, that I can extract data from the displacement field that<br>
&gt; seems to represent the field that would transform the &#39;pre-deformation&#39;<br>
&gt; image into the &#39;deformation&#39; image. (There is a significant deformation in<br>
&gt; the &#39;deformation data&#39; in the negative y-direction, which shows up nicely in<br>
&gt; the displacement field.<br>
&gt;<br>
&gt; Must I be doing something strange for this to happen?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Oct 9, 2013 at 10:31 AM, Matt McCormick &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi Tim,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; No, the WarpImageFilter should be generating a &#39;pre-deformation&#39;<br>
&gt;&gt; look-alike.  For more information, see the Software Guide.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; HTH,<br>
&gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Oct 9, 2013 at 4:48 PM, Tim Bhatnagar &lt;<a href="mailto:tim.bhatnagar@gmail.com" target="_blank">tim.bhatnagar@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt; Hello all,<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I use the ITK examples ImageRegistration5, ImageRegistration8 and<br>
&gt;&gt; &gt; DeformableRegistration2 (Demon&#39;s) for registration of normal and<br>
&gt;&gt; &gt; deformed<br>
&gt;&gt; &gt; data (same subject). Briefly, I do some pre-registration of my data<br>
&gt;&gt; &gt; using<br>
&gt;&gt; &gt; ImageReg5 and ImageReg8 (for gross alignment), after which I take the<br>
&gt;&gt; &gt; produced displacement fields, and use them as the &#39;initial displacement<br>
&gt;&gt; &gt; field&#39; for DefReg2.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; In all cases, I am using my &#39;pre-deformation&#39; data as my fixed source,<br>
&gt;&gt; &gt; and<br>
&gt;&gt; &gt; my &#39;deformation&#39; data as my moving source.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I have some fiducial markers to check the accuracy of the generated<br>
&gt;&gt; &gt; displacement field, and it looks pretty good. However, when trying to<br>
&gt;&gt; &gt; produce figures, my registration output looks much closer to my<br>
&gt;&gt; &gt; &#39;deformation&#39; data, and sometimes the output and the actual<br>
&gt;&gt; &gt; &#39;deformation&#39;<br>
&gt;&gt; &gt; data are offset by a magnitude.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; In my situation, should I be aiming to have my registration output<br>
&gt;&gt; &gt; appear<br>
&gt;&gt; &gt; similar to my &#39;pre-deformation&#39; data? (I get confused reading the ITK<br>
&gt;&gt; &gt; explanation on that) Shouldn&#39;t I be able to produce the a &#39;deformation&#39;<br>
&gt;&gt; &gt; look-a-like by using WarpImageFilter with my &#39;pre-deformation&#39; data and<br>
&gt;&gt; &gt; my<br>
&gt;&gt; &gt; generated displacement field?<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Sorry this was so wordy. Any help would be much appreciated.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; Tim Bhatnagar<br>
&gt;&gt; &gt; PhD Candidate<br>
&gt;&gt; &gt; Orthopaedic Injury Biomechanics Group<br>
&gt;&gt; &gt; Department of Mechanical Engineering<br>
&gt;&gt; &gt; University of British Columbia<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Rm 5000 - 818 West 10th Ave.<br>
&gt;&gt; &gt; Vancouver, BC<br>
&gt;&gt; &gt; Canada<br>
&gt;&gt; &gt; V5Z 1M9<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Ph: <a href="tel:%28604%29%20675-8845" value="+16046758845" target="_blank">(604) 675-8845</a><br>
&gt;&gt; &gt; Fax: <a href="tel:%28604%29%20675-8820" value="+16046758820" target="_blank">(604) 675-8820</a><br>
&gt;&gt; &gt; Web: <a href="http://oibg.mech.ubc.ca" target="_blank">oibg.mech.ubc.ca</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; _____________________________________<br>
&gt;&gt; &gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Tim Bhatnagar<br>
&gt; PhD Candidate<br>
&gt; Orthopaedic Injury Biomechanics Group<br>
&gt; Department of Mechanical Engineering<br>
&gt; University of British Columbia<br>
&gt;<br>
&gt; Rm 5000 - 818 West 10th Ave.<br>
&gt; Vancouver, BC<br>
&gt; Canada<br>
&gt; V5Z 1M9<br>
&gt;<br>
&gt; Ph: <a href="tel:%28604%29%20675-8845" value="+16046758845" target="_blank">(604) 675-8845</a><br>
&gt; Fax: <a href="tel:%28604%29%20675-8820" value="+16046758820" target="_blank">(604) 675-8820</a><br>
&gt; Web: <a href="http://oibg.mech.ubc.ca" target="_blank">oibg.mech.ubc.ca</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tim Bhatnagar<br>PhD Candidate<br>Orthopaedic Injury Biomechanics Group<br>Department of Mechanical Engineering<br>University of British Columbia<br><br>Rm 5000 - 818 West 10th Ave.<br>

Vancouver, BC<br>Canada<br>V5Z 1M9<br><br>Ph: <a href="tel:%28604%29%20675-8845" value="+16046758845" target="_blank">(604) 675-8845</a><br>Fax: <a href="tel:%28604%29%20675-8820" value="+16046758820" target="_blank">(604) 675-8820</a><br>
Web: <a href="http://oibg.mech.ubc.ca" target="_blank">oibg.mech.ubc.ca</a><br>
</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tim Bhatnagar<br>PhD Candidate<br>Orthopaedic Injury Biomechanics Group<br>Department of Mechanical Engineering<br>University of British Columbia<br><br>Rm 5000 - 818 West 10th Ave.<br>
Vancouver, BC<br>Canada<br>V5Z 1M9<br><br>Ph: (604) 675-8845<br>Fax: (604) 675-8820<br>Web: <a href="http://oibg.mech.ubc.ca" target="_blank">oibg.mech.ubc.ca</a><br>
</div>