I think example DicomSeriesReadImageWrite (or similarly called) reads dicom series and writes a signle .mha file.<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 6, 2012 at 5:38 PM, Ashwath Hegde, ERS-HCLTech <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Ashwathh@hcl.com" target="_blank">Ashwathh@hcl.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" dir="ltr" vlink="purple" link="blue">
<div style="direction:ltr;font-size:x-small;font-family:Tahoma">
<div> </div>
<div dir="ltr"><font color="#000000"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Hi Alex,</font></span></font></div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Thanks for your reply.</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">I have two sets of dicom images.one is CT set(40 .dcm files) and the other is MRI set(40 .dcm files).</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">I have gone through the example “ImageRegistration8.cxx”.</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Here the input to the example are two .mha files and output is a .mhd file.</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">What my doubt is that how will I convert the two sets(CT and MRI) of dicom images to two separate .mha files to be given as input to the &quot;ImageRegistration8.cxx&quot;.</font></span></p>


<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial" size="3">example.</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial" size="3"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial" size="3"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Please guide me on this.</font></span></p><div class="im">
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Thanking you in advance,</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Regards,</font></span></p>
</div><p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial">Ashwath.</font></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR:#1f497d"><font face="Arial"></font></span> </p>
</div>
</div>
<div style="DIRECTION:ltr"><font face="Arial">
<hr>
</font><font face="Tahoma" color="#000000"><b>From:</b> <a href="mailto:insight-users-bounces@itk.org" target="_blank">insight-users-bounces@itk.org</a> [<a href="mailto:insight-users-bounces@itk.org" target="_blank">insight-users-bounces@itk.org</a>] On Behalf Of alex Dowson [<a href="mailto:alexdowson@hotmail.com" target="_blank">alexdowson@hotmail.com</a>]<br>


<b>Sent:</b> Tuesday, November 06, 2012 11:01 AM<br>
<b>To:</b> Kiran Gachchi; <a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Insight-users] 3D Fusion.<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;font-family:&#39;Calibri&#39;">
<div>Kiran</div>
<div> </div>
<div>You can do it following ways </div>
<div> </div>
<div>1) do the registration of both images and produce single 3D image . See the registration section in ITK documentation or google it</div>
<div>2) Generate surface from that 3D image using Marching Cubes .</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Another method</div>
<div>1) Generate two surface from two different 3D image using marching cubes.</div>
<div>2) Register 3D surface with Iterative closet point algorithm described in itk for surface.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Naresh</div>
<div> </div>
<div style="font-style:normal;font-size:small;text-decoration:none;font-family:&#39;Calibri&#39;;display:inline;font-weight:normal">
<div style="FONT:10pt tahoma">
<div><font face="Calibri" size="3"></font> </div>
<div style="BACKGROUND:#f5f5f5">
<div><b>From:</b> <a title="Kiran.Gachchi@hcl.com" href="mailto:Kiran.Gachchi@hcl.com" target="_blank">
Kiran Gachchi</a> </div>
<div><b>Sent:</b> Tuesday, November 06, 2012 10:41 AM</div>
<div><b>To:</b> <a title="insight-users@itk.org" href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">
insight-users@itk.org</a> </div>
<div><b>Subject:</b> [Insight-users] 3D Fusion.</div>
</div>
</div>
<div> </div>
</div>
<div style="font-style:normal;font-size:small;text-decoration:none;font-family:&#39;Calibri&#39;;display:inline;font-weight:normal">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi All,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">I have a set of 2D DICOM CT scan files and also have the other set of 2D DICOM MRI scan files.</p>
<p class="MsoNormal">I want to generate a 3D Volume of CT images and a 3D Volume of MRI images.</p>
<p class="MsoNormal">After generating the two 3D volumes, I want to fuse both of the 3D Volumes and generate a output fused 3D volume.</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">How to go about the above task.</p>
<p class="MsoNormal">Please help me in this.</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Thanking you in advance,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
<p class="MsoNormal"><span style>Kiran.</span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<span style="FONT-SIZE:7.5pt;COLOR:gray;FONT-FAMILY:&#39;Arial&#39;,&#39;sans-serif&#39;">
<p class="MsoNormal" style="MARGIN:0in 0in 0pt"><br>
<br>
<font style="FONT-SIZE:9px;COLOR:gray;FONT-FAMILY:&#39;Arial&#39;,&#39;sans-serif&#39;">::DISCLAIMER::<br>
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN:0in 0in 0pt"><font style="FONT-SIZE:11px;COLOR:gray;FONT-FAMILY:&#39;Arial&#39;,&#39;sans-serif&#39;">The contents of this e-mail and any attachment(s) are confidential and intended for the named recipient(s) only.<br>


E-mail transmission is not guaranteed to be secure or error-free as information could be intercepted, corrupted,
<br>
lost, destroyed, arrive late or incomplete, or may contain viruses in transmission. The e mail and its contents
<br>
(with or without referred errors) shall therefore not attach any liability on the originator or HCL or its affiliates.
<br>
Views or opinions, if any, presented in this email are solely those of the author and may not necessarily reflect the
<br>
views or opinions of HCL or its affiliates. Any form of reproduction, dissemination, copying, disclosure, modification,
<br>
distribution and / or publication of this message without the prior written consent of authorized representative of
<br>
HCL is strictly prohibited. If you have received this email in error please delete it and notify the sender immediately.
<br>
Before opening any email and/or attachments, please check them for viruses and other defects.</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN:0in 0in 0pt"><font style="FONT-SIZE:11px;COLOR:gray;FONT-FAMILY:&#39;Arial&#39;,&#39;sans-serif&#39;">----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</font></p>

</span>
<p></p>
<hr>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>