I don&#39;t know if it is important, but in &quot;Includes&quot; folder in Eclipse, the path &quot;/usrlocal//include/ITK-4.2&quot; is not there.<br><br><div class="gmail_quote">On 26 September 2012 14:12, Gabriel Santiago <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Well, I did use &quot;Eclipse CDT 4&quot; option, but still not working.<br><br>Actually, I am using Eclipse Indigo. Could this be a problem?<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On 26 September 2012 14:03, Matt McCormick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">PS.  Please reply-to-all so the messages are archived on the mailing list.<br>
<br>
On Wed, Sep 26, 2012 at 12:59 PM, Matt McCormick<br>
&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi Gabriel,<br>
&gt;<br>
<div>&gt; You must use CMake to generate the Makefiles/Project Files.  Then, use<br>
&gt; your build system of choice to run the Makefiles/Project Files.  The<br>
&gt; CMake default &quot;generator&quot; on Linux is &quot;Unix Makefiles&quot;.  If you use<br>
&gt; this, then run the &quot;make&quot; command in the CMake binary directory.  If<br>
&gt; you want to use Eclipse, you must specify the &quot;Eclipse CDT4 - Unix<br>
&gt; Makefiles&quot; generator.  This will create Eclipse CDT 4.9 projects<br>
</div>&gt; files.  You need to use these when you try to build, so Eclipse will not<br>
<div><div>&gt; know where to look for the header files, libraries.<br>
&gt;<br>
&gt; HTH,<br>
&gt; Matt<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Sep 26, 2012 at 12:43 PM, Gabriel Santiago<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; Ok, I just run the example and got the same error:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; fatal error: vcl_config_manual.h: No such file or directory<br>
&gt;&gt; ComputeGradientMagnitudeOfGrayscaleImage        line 242, external location:<br>
&gt;&gt; /usr/local/include/ITK-4.2/vcl_compiler.h    C/C++ Problem<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 26 September 2012 13:31, Gabriel Santiago &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; In fact, when I import those files to Eclipse, it shows that every single<br>
&gt;&gt;&gt; line of the code has some kind of error and I can not build it.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On 26 September 2012 13:28, Gabriel Santiago &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Yes, that&#39;s correct. That&#39;s the the ITK_DIR:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; /usr/local/lib/cmake/ITK-4.2/<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; I am trying to run the example you told me. But no success up to now...<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; What should I do?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; thx!<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On 26 September 2012 13:24, Matt McCormick &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Gabriel,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On Wed, Sep 26, 2012 at 12:02 PM, Gabriel Santiago<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Thank you, Matt. But can you please, tell step by step exactly what<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; should I<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; do? I am a beginner to this CMake thing. What should be the ITK_DIR<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; correct<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; configuration?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ITK_DIR should be the directory containing the file ITKConfig.cmake.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; If ITK is not install, it is the location of the binary build<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; directory.  If ITK is installed, I believe in your case it would be<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; /usr/local/lib/cmake/ITK-4.2/<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; HTH,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Thanks again,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; On 26 September 2012 12:35, Matt McCormick<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; On Wed, Sep 26, 2012 at 10:37 AM, Gabriel Santiago<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Hi Matt,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Thanks for your reply.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Here it is:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; //- File name: myProject.cpp in myProject folder.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; // -- Code:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; #include &quot;/usr/local/include/ITK-4.2/itkImage.h&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; #include &quot;/usr/local/include/ITK-4.2/itkImageFileReader.h&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; #include<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; &quot;/usr/local/include/ITK-4.2/itkGradientMagnitudeImageFilter.h&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; int main(int arcg, char** argv)<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; {<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     typedef itk::Image&lt;unsigned short, 2&gt; ImageType;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     typedef itk::ImageFileReader&lt;ImageType&gt; ReaderType;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     typedef itk::GradientMagnitudeImageFilter&lt;ImageType, ImageType&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; FilterType;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     FilterType::Pointer filter = FilterType::New();<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     reader-&gt;SetFileName(argv[1]);<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     filter-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     filter-&gt;Update();<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;     return 0;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; }<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; // -- CMakeLists.txt in myProject folder.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; PROJECT( myProject )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; FIND_PACKAGE ( ITK REQUIRED )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; IF ( ITK_FOUND )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; INCLUDE( ${ITK_USE_FILE} )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; ENDIF( ITK_FOUND )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; ADD_EXECUTABLE( myProject myProject.cpp )<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; TARGET_LINK_LIBRARIES ( myProject ITKCommon ITKIO)<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Ow! And I forgot to mention that in order to make things work, I<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; had to<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; include the whole path to itk libraries.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Yes, that should not be necessary.  It should be &#39;#include<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &quot;itkImage.h&quot;&#39;, etc.   The &quot;INCLUDE&quot; statement of your CMakeLists.txt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; should be calling the CMake &quot;include_directories&quot; statement, which<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; sets up the right include &quot;-I&quot; flags when building.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Some sanity checks:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; *  Make sure ITK_DIR is set correctly in the CMake configuration.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; *  build with &quot;make VERBOSE=1&quot; and make use there is a<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &quot;-I/usr/local/include/ITK-4.2&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Try this example (code downloadable in the sidebar on the left):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://itk.org/ITKExamples/Examples/Filtering/ImageGradient/ComputeGradientMagnitudeOfGrayscaleImage/ComputeGradientMagnitudeOfGrayscaleImage.html" target="_blank">http://itk.org/ITKExamples/Examples/Filtering/ImageGradient/ComputeGradientMagnitudeOfGrayscaleImage/ComputeGradientMagnitudeOfGrayscaleImage.html</a><br>


&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Hope this helps,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; On 26 September 2012 11:34, Matt McCormick<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Hi Gabriel,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Could you please share the source code you are using for the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; project.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Matt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; On Wed, Sep 26, 2012 at 10:12 AM, Gabriel Santiago<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &lt;<a href="mailto:santiago.eletrica@gmail.com" target="_blank">santiago.eletrica@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Hi guys,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; I am trying to run ITK on my Ubuntu 12.04.1. I did exactly what<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; tutorial<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; says, except that my Cmake and ITK are the most recent versions.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; I also installed the CMake gui interface, which does exactly<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; what the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; ccmake<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; does and has the same interface that the Windows version.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; After I installed ITK on my linux, I tried myProject example, as<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; described<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; in the tutorial. After I made the .cpp (or .cxx) file and the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; CMakeLists.txt<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; with the same code found in &quot;Getting Started I&quot;, I used CMake,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; choosing<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; my<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; /workspace/myProject as source folder and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; /workspace/myProject/bin as<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; binary<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; directory. Everything seems to work fine, until I try to build<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; it.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; I get the following error message:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; fatal error: vcl_config_manual.h: No such file or directory<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; myProject<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; line 242, external location:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; /usr/local/include/ITK-4.2/vcl_compiler.h<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; C/C++ Problem<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Can anyone, please, help me?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Thanks in advance,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Gabriel Santiago<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; --<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>
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