<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello&nbsp;Mengqiu,<div><br></div><div>ITK has all of it's index, point, offsets, vectors etc.. organized as {x,y,z}. These filters follow the same standard convention.</div><div><br></div><div>The order of indices, and be a rather confusing and complicated subject. The standard expectation for matrices and image are different. &nbsp;And then there is how the data is stored in row-major or column major.</div><div><br></div><div><br></div><div>I recently read a section of the numpy documentation that was very neutral and informative of the subject. Hopefully it'll shed some light on the subject:</div><div><br></div><div><a href="http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/internals.html#multidimensional-array-indexing-order-issues">http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/internals.html#multidimensional-array-indexing-order-issues</a></div><div><br></div><div>Brad</div><div><br><div><div>On Feb 17, 2012, at 6:47 AM, Mengqiu Tian wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Cory and David,<br><br>Thanks for reply.<br>Actually, I tried both MirrorPadImageFilter and ZeroFluxNeumannPadImageFilter. Unfortunately, in MirrorPadImageFilter, the 0 indices&nbsp; width but in ZeroFluxNeumannPadImageFilter it behaves opposite way.<br>
Regarding the general view of image, I think 0 indices height would be more reasonable, similar as behavior in Matlab.<br>It is ok if it would not be corrected, I just swap my codes :)<br><br>Regards,<br>Mengqiu<br><br><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Feb 17, 2012 at 3:43 AM, Cory Quammen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cquammen@cs.unc.edu">cquammen@cs.unc.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks for the report. I think the figures for the other<br>
PadImageFilter filters are wrong. The indices 0 and 1 should be<br>
swapped in the figures.<br>
<br>
David, I think you made these figures originally. Do you concur that<br>
the indices should be swapped in the figures?<br>
<br>
Thanks,<br>
Cory<br>
<div><div class="h5"><br>
On Thu, Feb 16, 2012 at 12:03 PM, Mengqiu Tian &lt;<a href="mailto:tianmengqiu@gmail.com">tianmengqiu@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt;<br>
&gt; I am using itkZeroFluxNeumannPadImageFilter.h to pad my image, here I found<br>
&gt; a bug.<br>
&gt;<br>
&gt; According to other PadImageFilter, take MirrorPadImageFilter for example:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1MirrorPadImageFilter.html" target="_blank">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1MirrorPadImageFilter.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; lowerBound[0] and upperBound[0] should correspond to vertical direction.<br>
&gt;<br>
&gt; But ZeroFluxNeumannPadImageFilter does not consist with this behavior.<br>
&gt; lowerBound[0] and upperBound[0] corrspond to horizontal direction in this<br>
&gt; case.<br>
&gt; Although it is not a big deal, it might cause misunderstanding. I think it<br>
&gt; is better to correct it.<br>
&gt;<br>
&gt; Hope it helps. :)<br>
&gt;<br>
&gt; Regards,<br>
&gt; Mengqiu Tian<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _____________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
<br>
--<br>
Cory Quammen<br>
Research Associate<br>
Department of Computer Science<br>
The University of North Carolina at Chapel Hill<br>
</font></span></blockquote></div><br>
_____________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>http://www.kitware.com/products/protraining.html<br><br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ<br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users<br></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">========================================================</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Bradley Lowekamp<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Medical Science and Computing for</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Office of High Performance Computing and Communications</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">National Library of Medicine<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; "><a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>