<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-2">
</head>
<body style="word-wrap:break-word; color:rgb(0,0,0); font-size:14px; font-family:Calibri,sans-serif">
<div>
<div>
<div>Brad,</div>
<div><br>
</div>
<div>Eun Young (Regina) Kim is a graduate student of mine, and she would also be interested in this work.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hans</div>
<div>
<div>
<div>--&nbsp;</div>
<div>
<div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt">Hans J. Johnson, Ph.D.</span></font></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt"><a href="mailto:hans-johnson@uiowa.edu">hans-johnson@uiowa.edu</a></span></font></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt">Assistant Professor of Psychiatry</span></font></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><span class="Apple-style-span" style="font-size:13px; font-family:Arial">University of Iowa Carver College of Medicine</span></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt"><span class="Apple-style-span" style="font-family:Calibri; font-size:15px">
<div><span class="Apple-style-span" style="font-size:13px; font-family:Arial">W278 GH, 200 Hawkins Drive</span></div>
</span></span></font></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt">Iowa City, Iowa 52242</span></font></div>
<div style="font-family:Calibri; font-size:15px"><font face="Arial" size="2"><span style="font-size:10pt">Phone:&nbsp; 319-353-8587</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; border-bottom:medium none; border-left:medium none; padding-bottom:0in; padding-left:0in; padding-right:0in; border-top:#b5c4df 1pt solid; border-right:medium none; padding-top:3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Bradley Lowekamp &lt;<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Fri, 10 Feb 2012 09:34:36 -0500<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>Dženan Zukić &lt;<a href="mailto:dzenanz@gmail.com">dzenanz@gmail.com</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Cc: </span>Insight-users &lt;<a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [Insight-users] (off-list) Texture feature extraction<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap:break-word">Hello&nbsp;Dženan,
<div><br>
</div>
<div>It appears that you are trying to compute texture attributes for each pixel. This is very much not what the texture filters was originally designed for. It was designed to extract texture attributes from a segmented region.</div>
<div><br>
</div>
<div>A couple months ago I prototyped a couple of filters to run this on a per-pixel basis, as your wiki example did. They worked to prove my point but I have not gotten the chance to return to this work. I am not guaranteeing the quality of the code...</div>
<div><br>
</div>
<div>I could extract them into a external ITK module and place them on github. Perhaps there you could fork it and continue work or other wise collaborate on this work?</div>
<div><br>
</div>
<div>Brad</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Feb 10, 2012, at 9:18 AM, Dženan Zukić wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">After finding out how GLCM is used to extract features, I have created a new
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK/Examples/Statistics/TextureFeatures">wiki&nbsp;example</a>. However, the execution speed has really disappointed me.
<div><br>
</div>
<div>The example is single-threaded, but even so 90 seconds for a small image (64x64x12) is too much. I wanted to use texture features along some other features for segmentation purposes, but really slow execution of this texture extraction technique has me
 reconsidering the usage of texture features.</div>
<div><br>
</div>
<div>If anyone has an idea how to significantly reduce execution time (in addition to the obvious&nbsp;parallelization), please let me know.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Dženan</div>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px; font-size:medium"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; text-indent:0px; text-transform:none; orphans:2; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; text-indent:0px; text-transform:none; orphans:2; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica">========================================================</font></p>
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica">Bradley Lowekamp<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></font></p>
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica">Medical Science and Computing for</font></p>
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica">Office of High Performance Computing and Communications</font></p>
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica">National Library of Medicine<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></font></p>
<p style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px"><font face="Helvetica" size="3" style="font:normal normal normal 12px/normal Helvetica"><a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a></font></p>
<br class="Apple-interchange-newline">
</span></div>
</span></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
_____________________________________ Powered by www.kitware.com Visit other Kitware open-source projects at
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a> Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>
</span><br>
<br>
<hr>
Notice: This UI Health Care e-mail (including attachments) is covered by the Electronic Communications Privacy Act, 18 U.S.C. 2510-2521, is confidential and may be legally privileged.&nbsp; If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any
 retention, dissemination, distribution, or copying of this communication is strictly prohibited.&nbsp; Please reply to the sender that you have received the message in error, then delete it.&nbsp; Thank you.
<hr>
</body>
</html>