<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Texte de bulles Car";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.TextedebullesCar
        {mso-style-name:"Texte de bulles Car";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Texte de bulles";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=FR link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D;mso-fareast-language:FR'>I think, I figured it out why I have this problem. In the png attached to this mail you can have a precise idea of what this function is supposed to do. I think that the output image yield by this function has the same size as the input region and this is not what I want. How can I fix this problem ?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D;mso-fareast-language:FR'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D;mso-fareast-language:FR'>Regards,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D;mso-fareast-language:FR'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D;mso-fareast-language:FR'>Ali<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";mso-fareast-language:FR'>De&nbsp;:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";mso-fareast-language:FR'> Ali Mouizina [mailto:ali.mouizina@gmail.com] <br><b>Envoyé&nbsp;:</b> lundi 30 janvier 2012 13:05<br><b>À&nbsp;:</b> insight-users@itk.org<br><b>Objet&nbsp;:</b> ImageRegionIterator problem <o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Hi,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US>I&#8217;m currently having a problem using ImageRegionIterator. I copy successfully a region of my input image but when I want to process it through a filter it crashes. Here&#8217;s the code below :<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US>// In the main program<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US>&#8230;.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>squarediff-&gt;SetInput1(read);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>squarediff-&gt;SetInput2(imshift(deltax,deltay,deltaz));<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>squarediff-&gt;Update(); // -&gt; It crashes here<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US>&#8230;..<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='mso-fareast-language:FR'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>// imshift program<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>ImageType::Pointer Weights::imshift(<span style='color:blue'>int</span> x, <span style='color:blue'>int</span> y, <span style='color:blue'>int</span> z){<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> x1s=max(1,x+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> x2s=min(nb_col,nb_col+x); //nb_col is the number of columns of my input image<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'> y1s=max(1,y+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> y2s=min(nb_ln,nb_ln+y);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'> z1s=max(1,z+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> z2s=min(nb_slice,nb_slice+z);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'> x1=max (1,-x+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> x2=min(nb_col,nb_col-x);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> y1=max(1,-y+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> y2=min(nb_ln,nb_ln-y);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> z1=max(1,-z+1);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>int</span> z2=min(nb_slice,nb_slice-z);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::Pointer image = ImageType::New();<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>typedef</span> itk::ImageRegionConstIterator&lt; ImageType &gt; ConstIteratorType;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'> itk::ImageRegionIterator&lt; ImageType&gt; IteratorType;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:green'>// Input region definition</span><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::RegionType inputRegion;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::RegionType::IndexType inputStart;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::RegionType::SizeType size;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inputStart[0] = x1s-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inputStart[1] = y1s-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inputStart[1] = z1s-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; size[0] = x2s-x1s+1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; size[1] = y2s-y1s+1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; size[2] = z2s-z1s+1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inputRegion.SetSize( size );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inputRegion.SetIndex( inputStart );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:green'>// Output region definition</span><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::RegionType outputRegion;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::RegionType::IndexType outputStart;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputStart[0] = x1-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputStart[1] = y1-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputStart[1] = z1-1;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputRegion.SetSize( size );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputRegion.SetIndex( outputStart );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:green'>// !!!&nbsp; Warning : Spacing and origin are not defined as we don't expect to do image registration</span><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>image-&gt;SetRegions( outputRegion );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>image-&gt;Allocate();<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; image-&gt;FillBuffer(0);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:green'>// Copying </span><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ConstIteratorType inputIt( read, inputRegion );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IteratorType outputIt( image, outputRegion );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>for</span> ( inputIt.GoToBegin(), outputIt.GoToBegin(); !inputIt.IsAtEnd(); ++inputIt, ++outputIt)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outputIt.Set( inputIt.Get() );<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span lang=EN-US style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style='color:blue'>return</span> image;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'>}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:9.5pt;font-family:Consolas'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>This function copies all the values properly as I checked it. Hence, I don&#8217;t see why can&#8217;t I process it through a filter. By the way this functions aims at copying the pixel values from an input image into an output image by shifting their positions according to x,y and z values. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Regards,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Ali<o:p></o:p></span></p></div></body></html>