Hi All, <br><br>I would like to use ConnectedThresholdImageFilter for Skull stripping for CT images. ConnectedThresholdImageFilter requires three parameters: seed, low and high threshold. I would like that all process will be fully automated.  <br>
<br>I found how to get seedX, seedY and seedZ for ConnectedThresholdImageFilter. I can use Max value of GradientMagnitudeImageFilter, because bones in CT have very high intensities. My question how to get low threshold.<br>
<br>Any help will be appreciated.<br><br>Thanks,<br><br>U.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 17, 2011 at 11:00 AM, U Yakubov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:uyakubov007@gmail.com">uyakubov007@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Luis,<br><br>For the segmentation of the bones, I used ConnectedThresholdImageFilter giving manually 3D coordinates of the seed, low and high threshold of the bone intensities. After that I used MaskNegatedImageFilter for the separation of the brain. I don&#39;t understand why do I need to use distance maps to separate the brain? I would like to automate the process. How I can find seed and threshold intensities automatically. Is there a way to do this?<br>

<br>Thanks,<br><br>Uril.<div><div></div><div class="h5"><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 26, 2011 at 1:14 PM, Luis Ibanez <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com" target="_blank">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi U.<br>
<br>
Skull Stripping on CT should be easier, given that<br>
bone has a very high signature in Hounsfield units.<br>
<br>
You could first segment the skull bone, and then<br>
use distance maps to separate the brain.<br>
<br>
<br>
     Luis<br>
<br>
<br>
--------------------------------------------<br>
<div><div></div><div>On Tue, May 24, 2011 at 1:17 PM, U Yakubov &lt;<a href="mailto:uyakubov007@gmail.com" target="_blank">uyakubov007@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi Luis,<br>
&gt;<br>
&gt; Skull stripper that you mentioned below works for MR images. What about CT<br>
&gt; images?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; U.<br>
&gt;<br>
&gt; On Sat, May 21, 2011 at 1:53 PM, Luis Ibanez &lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com" target="_blank">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi U,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; You may find this useful:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;   <a href="http://svn.na-mic.org/NAMICSandBox/trunk/SkullStripper/" target="_blank">http://svn.na-mic.org/NAMICSandBox/trunk/SkullStripper/</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/NA-MIC_JHU_Skull_Stripping_Collaboration" target="_blank">http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/NA-MIC_JHU_Skull_Stripping_Collaboration</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;   <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:SkullStripperModule" target="_blank">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:SkullStripperModule</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; They are based on ITK.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;    Luis<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ---------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; On Fri, May 20, 2011 at 3:49 PM, U Yakubov &lt;<a href="mailto:uyakubov007@gmail.com" target="_blank">uyakubov007@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt; Hi experts,<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Does anyone now how to make skull stripping from MRI and CT images using<br>
&gt;&gt; &gt; itk<br>
&gt;&gt; &gt; software.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Thanks,<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; U<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; _____________________________________<br>
&gt;&gt; &gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>