Alba:<br><br>Also take a look at the examples and tests I placed in the repository: <br>
<br>   Examples/Filtering/DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter.cxx<br>
   Testing/Code/BasicFilters/itkDiffusionTensor3DReconstructionImageFilterTest.cxx<br><br>and the NRRD IO part :<br>
  
Testing/Code/IO/itkNrrdDiffusionTensor3DImageReadWriteTest.cxx<br>  
Testing/Code/IO/itkNrrdDiffusionTensor3DImageReadTest.cxx<br><br>As the example mentions:<br><br>// The easiest way to get started is to try out the filter on a sample dataset.<br>// <br>// Acquiring sample datasets:<br>
//  1. Get the DWI datasets from <br>//        <a href="ftp://public.kitware.com/pub/namic/DTI/Data/dwi.nhdr">ftp://public.kitware.com/pub/namic/DTI/Data/dwi.nhdr</a><br>//        <a href="ftp://public.kitware.com/pub/namic/DTI/Data/dwi.img.gz">ftp://public.kitware.com/pub/namic/DTI/Data/dwi.img.gz</a> (gunzip this)<br>
//     These datasets contain a reference T1 image and 30 diffusion weighted<br>//     images. See the nrrd header for details such as B value etc..<br>//<br>//  2. Run the example with the following args<br>//       dwi.nhdr 80 Tensors.mhd FractionalAnisotropy.mhd RelativeAnisotropy.mhd 1<br>
//  <br>//  3. You should find 30 gradient images, 1 reference image, the FA and RA images<br>//     in your working directory, which you can fire up in your favourite volume<br>//     browser.<br><br>Hope this helps<br>--<br>
karthik<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 16, 2011 at 11:57 PM, Magnotta, Vincent A <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vincent-magnotta@uiowa.edu">vincent-magnotta@uiowa.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">




<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri,sans-serif;">
<div>
<div>
<div>Here is a link to a program that we write that uses the filter. We use NRRD files as input to this program.</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.nitrc.org/plugins/scmsvn/viewcvs.php/GTRACT/Cmdline/gtractTensor.cxx?root=vmagnotta&amp;view=markup" target="_blank">http://www.nitrc.org/plugins/scmsvn/viewcvs.php/GTRACT/Cmdline/gtractTensor.cxx?root=vmagnotta&amp;view=markup</a></div>

<div><br>
</div>
<div>Vince</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div>-- </div>
<div><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><span style="font-size: 11pt;">Associate Professor<br>
Department of Radiology<br>
0453-D JCP<br>
200 Hawkins Drive<br>
Iowa City, IA 52242<br>
E-mail: <a href="mailto:vincent-magnotta@uiowa.edu" target="_blank">vincent-magnotta@uiowa.edu</a><br>
Phone: 319-356-8255 Fax: 319-353-6275<br>
Website: <a href="http://www.healthcare.uiowa.edu/Radiology" target="_blank">http://www.healthcare.uiowa.edu/Radiology</a></span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span>
<div style="border-style: solid none none; border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color -moz-use-text-color; border-width: 1pt medium medium; padding: 3pt 0in 0in; font-family: Calibri; font-size: 11pt; text-align: left; color: black;">

<span style="font-weight: bold;">From: </span>alba garin &lt;<a href="mailto:albagarin1986@hotmail.com" target="_blank">albagarin1986@hotmail.com</a>&gt;<br>
<span style="font-weight: bold;">Date: </span>Wed, 16 Feb 2011 08:15:47 +0000<br>
<span style="font-weight: bold;">To: </span>&lt;<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>&gt;<br>
<span style="font-weight: bold;">Subject: </span>[Insight-users] DiffusionTensor3DReconstructionFilter<br>
</div><div><div></div><div class="h5">
<div><br>
</div>
<div>
<div>Hi everyone,
<div><br>
</div>
<div>im getting mad trying to use the DiffusionTensor3DReconstructionFilter with a nrrd diffusion file. I store properly the gradients and after using the filter I get a image with pixels of DiffusionTensor3D. the problem is that this image has as voxels only
 zeros...</div>
<div>anyone can help me, please?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Alba<br>
<div> </div>
</div>
</div>
</div></div></div>
_____________________________________ Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a> Visit other Kitware open-source projects at
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a> Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>
</span><br>
<br>
<hr>
Notice: This UI Health Care e-mail (including attachments) is covered by the Electronic Communications Privacy Act, 18 U.S.C. 2510-2521, is confidential and may be legally privileged.  If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any
 retention, dissemination, distribution, or copying of this communication is strictly prohibited.  Please reply to the sender that you have received the message in error, then delete it.  Thank you.
<hr>
</div>

<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br>