Hi Mathieu,<div><br></div><div>Perhaps, the answer of question 3 wasn&#39;t so clear:</div><div><br></div><div>ITK versions:</div><div>  - <span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">CMAKE_BUILD_TYPE:RelWithDebInfo</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">  - BUILD_SHARED_LIBS: OFF</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><br>
</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">GDCM: Release from <span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; "> <a href="http://gdcm.sourceforge.net/" target="_blank" style="color: rgb(87, 151, 176); ">http://gdcm.sourceforge.net</a></span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">Test program: Release. </span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">Compiling the test program in Debug mode, it takes more time but we also have large differences between GDCM 1.2.x and GDCM 2.0.</span></font></div>
<div><br></div><div><br></div><div>Roger</div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 17, 2010 at 11:50 PM, Roger Bramon Feixas <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rogerbramon@gmail.com">rogerbramon@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Mathieu,<div><br></div><div>Thanks for your attention. I answer your questions:</div><div class="im"><div><br></div>
<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">1. What is your platform ?</span></div>
</div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">I used a Windows XP 32bits to do the test. However, this behaviour also occurs in Mac OS X platform.</span></div><div class="im">

<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br>2. What is your compiler ?</span></div></div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">All ITK versions were compiled with Visual Studio 2008 and we downloaded GDCM 2.0.14 binary from <a href="http://gdcm.sourceforge.net" target="_blank">http://gdcm.sourceforge.net</a></span></div>
<div class="im">
<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br>3. What are your compiler option (eg. I hope you do not run bench<br>without CMAKE_BUILD_TYPE:Release) ?</span></div>
</div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">RelWithDebInfo</span></div><div class="im"><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br>

4. Where is the dataset used ?</span></div></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse">Dataset 5 is from OSIRIX: </span></font><span style="font-family:arial, sans-serif;border-collapse:collapse"><a href="http://pubimage.hcuge.ch:8080/DATA/CALIX.zip" target="_blank">http://pubimage.hcuge.ch:8080/DATA/CALIX.zip</a> -&gt; </span><span style="font-family:arial, sans-serif;border-collapse:collapse">CALIX/CT1 abdomen/D30MN BILISCOPIN</span></div>

<div><span style="font-family:arial, sans-serif;border-collapse:collapse">We are really interested to improve the time needed to load jpeg lossless datasets. The jpeg lossless datasets used are non-anonymized datasets, I will try to anonymize them if you want them.</span></div>
<div class="im">
<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br></span><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">5. Where is the source code used ?</span></div>

</div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">I attach it in this mail.</span></div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br>

</span></div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br></span></div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">Thanks!</span></div>

<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><br></span></div><font color="#888888"><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">Roger</span></div>
</font><div><div></div><div class="h5">
<div><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 17, 2010 at 10:44 PM, Mathieu Malaterre <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mathieu.malaterre@gmail.com" target="_blank">mathieu.malaterre@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Roger,<br>
<br>
  This is a very interesting post !<br>
<div><div></div><div><br>
On Thu, May 13, 2010 at 11:00 PM, Roger Bramon Feixas<br>
&lt;<a href="mailto:rogerbramon@gmail.com" target="_blank">rogerbramon@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; Recently we updated our ITK version from ITK 3.16 to ITK 3.18 and we decided<br>
&gt; to relink ITK with system GDCM 2.0. After some tests, we concluded ITK<br>
&gt; 3.18+GDCM 2.0 is faster than ITK 3.18 reading DICOM Little Endian files,<br>
&gt; however ITK 3.18+GDCM 2.0 is rather slower reading DICOM JPEG files. I<br>
&gt; attach a PDF file which is a time comparison of ITK 2.8, 3.16, 3.18 and<br>
&gt; 3.18+GDCM2.0 versions.<br>
&gt; I don&#39;t know if it&#39;s just a GDCM problem or if it depends on how ITK uses<br>
&gt; GDCM.<br>
<br>
</div></div>                       GDCM             Reading<br>
UpdateOutput-        UpdateLargest-<br>
Data       ITK version version          directory         Information<br>
        PossibleRegion<br>
<br>
<br>
       5           2,8            1,2           642<br>
 6                  20153<br>
                  3,16            1,2           547<br>
 0                  25121<br>
                  3,18            1,2           547<br>
 0                  25124<br>
                  3,18              2         25297<br>
187                  71437<br>
<br>
<br>
<br>
Data     Transfer syntax                Modality          Files<br>
        Size (MB)<br>
<br>
       5 JPEG 2000                      CT<br>
243                     23<br>
<br>
<br>
<br>
  Could you please post a little bit more on :<br>
1. What is your platform ?<br>
2. What is your compiler ?<br>
3. What are your compiler option (eg. I hope you do not run bench<br>
without CMAKE_BUILD_TYPE:Release) ?<br>
4. Where is the dataset used ?<br>
5. Where is the source code used ?<br>
<br>
Thanks a bunch !<br>
--<br>
<font color="#888888">Mathieu<br>
</font></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>