<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]--><o:SmartTagType
 namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PersonName"/>
<!--[if !mso]>
<style>
st1\:*{behavior:url(#default#ieooui) }
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";}
p
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
p.ecxmsonormal, li.ecxmsonormal, div.ecxmsonormal
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
p.ecxmsoplaintext, li.ecxmsoplaintext, div.ecxmsoplaintext
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
p.ecxmsonormal1, li.ecxmsonormal1, div.ecxmsonormal1
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
span.ecxmsohyperlink1
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
span.ecxmsohyperlinkfollowed1
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.ecxmsoplaintext1, li.ecxmsoplaintext1, div.ecxmsoplaintext1
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";}
span.ecxemailstyle171
        {font-family:Arial;
        color:windowtext;}
span.EmailStyle28
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:Arial;
        color:navy;}
@page Section1
        {size:595.3pt 841.9pt;
        margin:1.0cm 42.55pt 1.0cm 42.55pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-AU link=blue vlink=blue>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>The approach in the paper will enable you
to generate a discretized binary image of a contoured ROI with the same resolution
as a supplied input volume - the ROI having been obtained from the RT treatment
planning system. <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>The RT structures are just a list of
points in real space (i.e. continuous space) relative to a defined origin. The
origin should be the same as the image&#8217;s origin &#8211; or their relative
position should be known.&nbsp; &nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>&nbsp;Hope this helps.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Cheers,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Jason<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 face=Tahoma><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font
size=2 face=Tahoma><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>
<st1:PersonName w:st="on">Xiaofeng Z</st1:PersonName>
[mailto:xf10036@hotmail.com] <br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Friday, 7 May 2010 1:18 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <st1:PersonName w:st="on">Dowling,
 Jason</st1:PersonName> (ICT Centre, Herston - RBWH)<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> ITK Users<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> RE: Creating an
approximate cross-section of a RT</span></font><span lang=EN-US><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Verdana'>The problem with the approach in the paper is that RT
structure contours can have arbitrary resolution.<br>
<br>
Xiaofeng<br>
<br>
<br>
<br>
&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=2
face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'>

<hr size=2 width="100%" align=center id=stopSpelling>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'>From: Jason.Dowling@csiro.au<br>
To: xf10036@hotmail.com<br>
CC: <st1:PersonName w:st="on">insight-users@itk.org</st1:PersonName><br>
Date: Wed, 5 May 2010 10:06:03 +1000<br>
Subject: Re: Creating an approximate cross-section of a RT<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hi </span></font><font size=2 face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>Xiaofeng, </span></font><font
size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>You can use the code from this Insight Journal
paper: <a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/701">http://www.insight-journal.org/browse/publication/701</a>
to read the DICOM-RT structures into a binary volume.&nbsp; An easy way to then
visualize the different orientations of the ROI is to load it into ITK-SNAP ( <a
href="http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php">http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php</a>
).&nbsp; </span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>Cheers,</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>Jason</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>-----</span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>All,</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>I've post this in VTK board but I didn't get the
answer.&nbsp; Before I set</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>out to implement it, I'll post it here.</span></font><font
size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>I have a set of contours in axial orientation
representing a ROI. I</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>need to sketch the ROI in coronal and sagittal
plane, by connection the</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>points made from the intersection of the contours
and the cutting plane.</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>Is there a function to do that in vtk or in ITK?</span></font><font
size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>Some in VTK board suggested constructing a surface
and create</span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>the crosssection by cutting the surface.&nbsp; But
that is not what I need.</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>I need to do it in the rudimentary way for
performance.</span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;Many thanks!</span></font><font size=2
face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>Xiaofeng</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>&nbsp;</span></font><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Verdana'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Verdana'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=2
face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;font-family:Verdana'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Verdana'>The New Busy is not the old busy. Search, chat and e-mail
from your inbox. <a
href="http://www.windowslive.com/campaign/thenewbusy?ocid=PID28326::T:WLMTAGL:ON:WL:en-US:WM_HMP:042010_3"
target="_new">Get started.</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>