<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif;font-size:10pt"><div><br></div><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;"><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font size="2" face="Tahoma">----- Forwarded Message ----<br><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> "fariba_yoo@yahoo.co.uk" &lt;fariba_yoo@yahoo.co.uk&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> insight &lt;Insight-users@itk.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sun, 28 March, 2010 2:43:10<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Insight-users] Registration!<br></font><br><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;"><br><div style="font-family: Courier
 New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;"><div>Hi Luis,<br><br>Thanks for your helps. But it seems I really need extra help. <br>Because I could just run Hello world example!<br>I can't run any other examples!<br>I am not a programmer nor expert in windows or dos...<br>I studied the guides that you sended the links to me but there, I couldn't find any help in running examples with visual studio command prompt.<br>I need a really step by step guide for running examples.<br>I should tell you that I have InsightToolkit-3.16.0 and cmake 2.8 and I have installed
 cmake and then I build a binary folder and then I Configured and generated...<br>also buil_Examples and Buil_testing values are on.<br>then in Visual studio builded ALL_BUILD.<br>I have done these and there is a weeks I want to run ITK's examples but there is no clear
 help...<br>I appreciate your help.<br><br>Regards,<br>Fariba<br><br><br></div><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;"><br><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 13px;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Luis Ibanez &lt;luis.ibanez@kitware.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> fariba_yoo@yahoo.co.uk<br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> itk &lt;Insight-users@itk.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sat, 27 March, 2010 23:10:40<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [Insight-users] Registration!<br></font><br>Hi Fariba,<br><br>You must fist "cd" into the directory where<br>you built ITK. (not into the CMake directory).<br><br><br>Once you are in the directory where you<br>built ITK, you can then call:<br><br>C:\Program\
 Files\CMake\ 2.6\bin\ctest -R ImageRegistration1Test -N&nbsp; -V<br><br>-----<br><br>The problem in your current approach is that you<br>are going to the CMake directory, instead of going<br>to the ITK binary directory.<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Regards<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Luis<br><br><br>-------------------------------------------------------------------<br>On Sat, Mar 27, 2010 at 5:05 PM,&nbsp; &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk" target="_blank" href="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk">fariba_yoo@yahoo.co.uk</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hello luis,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I did these and the result is in the attachment, please tell me what is<br>&gt; wrong?<br>&gt;<br>&gt; Regards,<br>&gt; Fariba<br>&gt;<br>&gt; ________________________________<br>&gt; From: Luis Ibanez &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:luis.ibanez@kitware.com" target="_blank"
 href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;<br>&gt; To: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk" target="_blank" href="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk">fariba_yoo@yahoo.co.uk</a><br>&gt; Cc: itk &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:Insight-users@itk.org" target="_blank" href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a>&gt;<br>&gt; Sent: Wed, 17 March, 2010 3:17:38<br>&gt; Subject: Re: [Insight-users] Registration!<br>&gt;<br>&gt; Hi Fariba,<br>&gt;<br>&gt; It looks like you are working on Windows...<br>&gt;<br>&gt; That would have been an interesting piece<br>&gt; of information to add to you initial email.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-)<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Are you familiar with how to use<br>&gt; &nbsp; &nbsp; the command prompt in Windows ?<br>&gt;<br>&gt; or<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Do you happen to use Cygwin in your<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Windows machine
 ?<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; In summary&nbsp; have to do is to open a<br>&gt; command prompt from the Visual Studio<br>&gt; menu that you find in the Windows Start
 button.<br>&gt;<br>&gt; Once you open that command prompt window,<br>&gt; you can "cd" (change directories) until you get<br>&gt; to the directory where you build ITK..<br>&gt;<br>&gt; At that point, you need to know the path to the<br>&gt; directory where you installed CMake<br>&gt;<br>&gt; (typically C:\Program\ Files\CMake 2.6)<br>&gt;<br>&gt; Then you can invoke commands such as<br>&gt;<br>&gt; C:\Program\ Files\CMake\ 2.6\bin\ctest -R ImageRegistration1Test -N&nbsp; -V<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; It will help you a lot to first familiarize yourself<br>&gt; with the Visual Studio command prompt before<br>&gt; you continue you exploration of ITK.<br>&gt;<br>&gt; See, for example the following tutorial<br>&gt; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.youtube.com/watch?v=foYsmpDrYjY&amp;feature=related">http://www.youtube.com/watch?v=foYsmpDrYjY&amp;feature=related</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Regards,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;
 &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; Luis<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ----------------------------------------------------------------------------<br>&gt; On Tue, Mar 16, 2010 at 7:43 PM,&nbsp; &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk" target="_blank" href="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk">fariba_yoo@yahoo.co.uk</a>&gt; wrote:<br>&gt;&gt; Hi Luis,<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Thanks for your reply, I was completely hopeless...<br>&gt;&gt; I want to give you exactly what I have done:<br>&gt;&gt; first I downloaded Insighttoolkit and Cmake,<br>&gt;&gt; then I made a folder for binary in the name of ITKBinary.<br>&gt;&gt; then I run Cmake and I made<br>&gt;&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; BUILD_TESTING&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; set to&nbsp; ON<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BUILD_EXAMPLES&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; set to&nbsp; ON<br>&gt;&gt; then I configured and generated(in the sourse I choose Insighttoolkit
 and<br>&gt;&gt; for binary I choose
 ITKBinary)<br>&gt;&gt; after configuring and generating I went to run ITKBinary.sln and it opened<br>&gt;&gt; in visual studio,<br>&gt;&gt; then I build&nbsp; BUILL-ALL. after building all the projects that took 1 hour<br>&gt;&gt; without any error, I wanted to run imageregistration1 there is no error<br>&gt;&gt; first but after running I attached the error file!<br>&gt;&gt; am I doing right up to now?<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; now you have said that :<br>&gt;&gt; "Then, if you pick one specific example, you can<br>&gt;&gt; run it by calling ctest as:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ctest -R ImageRegistration1Test -N&nbsp; -V "<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; how can I do this?<br>&gt;&gt; because when I run for example imageregistration1.cxx there is cmd window<br>&gt;&gt; that says choose one of the numbers below: there are 0, 1, 2, 3<br>&gt;&gt; when I choose for example 1 it breaks!!<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Thanks for all your help, I appreciate
 your help :)<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Best,<br>&gt;&gt; Fariba<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; ________________________________<br>&gt;&gt; From: Luis Ibanez &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:luis.ibanez@kitware.com" target="_blank" href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;<br>&gt;&gt; To: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk" target="_blank" href="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk">fariba_yoo@yahoo.co.uk</a><br>&gt;&gt; Cc: insight &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:Insight-users@itk.org" target="_blank" href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a>&gt;<br>&gt;&gt; Sent: Wed, 17 March, 2010 1:24:54<br>&gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] Registration!<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Hi Fariba<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Welcome to ITK !<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; One easy way to find the parameters
 for running the<br>&gt;&gt; Registration examples, is to configure ITK with the<br>&gt;&gt;
 CMake variables:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BUILD_TESTING&nbsp; &nbsp; &nbsp; set to&nbsp; ON<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BUILD_EXAMPLES&nbsp; set to&nbsp; ON<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; then rebuild the toolkit.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Once you have rebuild the toolkit,<br>&gt;&gt; You can go to the binary directory, go down to the<br>&gt;&gt; directory&nbsp; Examples/Registration and invoke "ctest".<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Something like:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; cd InsightBin<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; cd Examples/Registration<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ctest -R ImageRegistration -N<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; will give you a list of 76 tests (that are build using<br>&gt;&gt; the source code of the examples).<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Then, if you pick one specific example, you can<br>&gt;&gt; run it by calling ctest
 as:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ctest -R ImageRegistration1Test -N&nbsp; -V<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; The options are<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; -R regular expression (select a list of tests<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; whose names match the regular expression)<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; -N : not run the tests, just list them<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; -V : verbose: shows the parameters of the tests.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; So, for the command above, you will see something<br>&gt;&gt; like:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; RegistrationExamples.exe<br>&gt;&gt; --compare<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; D:/src/Insight/Testing/Data/Baseline/Registration/ImageRegistration1TestPixelCentered.png<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; D:/bin/InsightVS9Release/Testing/Temporary/ImageRegistration1TestPixelCentered.png<br>&gt;&gt; ImageRegistration1Test<br>&gt;&gt; D:/src/Insight/Examples/Data/BrainProtonDensitySliceBorder20.png<br>&gt;&gt;
 D:/src/Insight/Examples/Data/BrainProtonDensitySliceShifted13x17y.png<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; D:/bin/InsightVS9Release/Testing/Temporary/ImageRegistration1TestPixelCentered.png<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; D:/bin/InsightVS9Release/Testing/Temporary/ImageRegistration1DifferenceAfterTestPixelCentered.png<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; D:/bin/InsightVS9Release/Testing/Temporary/ImageRegistration1DifferenceBeforeTestPixelCentered.png<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Of course, the directories in our build will be different<br>&gt;&gt; from the ones that I'm showing here from my build.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; This will give you an idea of what command line inputs<br>&gt;&gt; are expected by every example.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Once you become familiar with the expected input<br>&gt;&gt; parameters, then you could venture to run the<br>&gt;&gt; examples with your own data as input, and to<br>&gt;&gt; modify the examples for your own
 purposes.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Regards,<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Luis<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; --------------------------------------------------<br>&gt;&gt; On Wed, Mar 10, 2010 at 5:46 PM,&nbsp; &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk" target="_blank" href="mailto:fariba_yoo@yahoo.co.uk">fariba_yoo@yahoo.co.uk</a>&gt; wrote:<br>&gt;&gt;&gt; Hello,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; I am new in ITK and I just installed the program and run the first<br>&gt;&gt;&gt; example(Hello World!),<br>&gt;&gt;&gt; Now I need to begin with registration and test some pictures from the<br>&gt;&gt;&gt; examples, but in the registration chapter I couldn't find how to run<br>&gt;&gt;&gt; registration examples...<br>&gt;&gt;&gt; I am waiting for your suggestions guys!<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Best,<br>&gt;&gt;&gt;
 Fariba<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; _____________________________________<br><span>&gt;&gt;&gt; Powered by <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a></span><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>&gt;&gt;&gt; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>&gt;&gt;&gt; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>&gt;&gt;&gt; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Follow this
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