<div dir="ltr">Dear All,<div><br></div><div>I use ITK snap program to segment , then save the segmentation output to raw image data (using the menu segmentation --&gt; Save As )</div><div><br></div><div>I read it using vtk, and try t extract the bone ad reconstruct it using the following code :</div>
<div><br></div><div><div><div> vtkMetaImageReader metaImageReader = new vtkMetaImageReader();</div><div>            metaImageReader.SetFileName(@&quot;C:\Users\Eng. Ali Mahmoud\Desktop\yyymhdmhd&quot;);</div><div>            metaImageReader.Update();</div>
<div>            </div><div>            vtkImageShrink3D VIS = new vtkImageShrink3D();</div><div>            VIS.SetShrinkFactors(2, 2, 2);</div><div>            VIS.SetInputConnection(metaImageReader.GetOutputPort());</div>
<div>            VIS.Update();</div><div><br></div><div>            vtkImageThreshold VIT = new vtkImageThreshold();</div><div>            VIT.ThresholdBetween(200, 2000);</div><div>            VIT.SetInputConnection(VIS.GetOutputPort());</div>
<div>            VIT.Update();</div><div><br></div><div>            vtkImageMarchingCubes imageMarchingCubes = new vtkImageMarchingCubes();</div><div>            imageMarchingCubes.SetInput(VIT.GetOutput());</div><div>            imageMarchingCubes.SetValue(0, 500);</div>
<div>            imageMarchingCubes.ComputeScalarsOff();</div><div>            imageMarchingCubes.ComputeNormalsOff();</div><div>            imageMarchingCubes.ComputeGradientsOff();</div><div>            imageMarchingCubes.Update();</div>
<div><br></div><div>             vtkPolyDataMapper map =new vtkPolyDataMapper(); </div><div>  map.SetInput(imageMarchingCubes.GetOutput());</div><div><br></div><div>  // actor coordinates geometry, properties, transformation </div>
<div>  vtkActor aSphere =new vtkActor(); </div><div>  aSphere.SetMapper(map); </div><div>  aSphere.GetProperty().SetColor(0,0,1); // sphere color blue</div><div><br></div><div>  // a renderer and render window </div><div>
  vtkRenderer ren1 =new vtkRenderer(); </div><div>  vtkRenderWindow renWin =new vtkRenderWindow(); </div><div>  renWin.AddRenderer(ren1);</div><div><br></div><div>  // an interactor </div><div>  vtkRenderWindowInteractor iren =new vtkRenderWindowInteractor(); </div>
<div>  iren.SetRenderWindow(renWin);</div><div><br></div><div>  // add the actor to the scene </div><div>  ren1.AddActor(aSphere); </div><div>  ren1.SetBackground(1,1,1); // Background color white</div><div><br></div><div>
  // render an image (lights and cameras are created automatically) </div><div>  renWin.Render();</div><div><br></div><div>  // begin mouse interaction </div><div>   iren.Start(); </div><div><br></div><div><br></div></div>
<div>how to fix that </div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>            </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div><br></div><div><br>
</div><div><br></div><div><br></div></div>