<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV>Dear Gaetan:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Claiming structur element as [3 3 1] seems to be a simple solution.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>What I am wondering is how about if I only want to dilate or erod one voxel with slice? How to give teh structure elements in this case. Can I&nbsp;give structure&nbsp;elements as [1 1 0.33]? &nbsp;Seem the way you suggested has to do dilation with slice with 3 voxel.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Is that true:</DIV>
<DIV>thanks</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Baoyun<BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><FONT face=Tahoma size=2>
<HR SIZE=1>
<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> Gaëtan Lehmann &lt;gaetan.lehmann@jouy.inra.fr&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Baoyun Li &lt;baoyun_li123@yahoo.com&gt;; Luis Ibanez &lt;luis.ibanez@kitware.com&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Cc:</SPAN></B> ITK Users &lt;insight-users@itk.org&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Mon, November 16, 2009 9:20:19 AM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> Re: [Insight-users] are itkConnectedComponentImageFilter and itkBinaryDilateImageFilter<BR></FONT><BR><BR>Hi,<BR><BR>For BinaryDilateImageFilter, it is possible to take the spacing into account when choosing the kernel size - the size on the third dimension should be three time smaller than on the two other ones - for example [3,3,1]. There is nothing to do for the ConnectedComponentImageFilter.<BR><BR>I'm not sure to understand how the spacing can have an impact on the
 performance of those filters - by definition, they are working on the neighbors of the pixels. Resampling the image shouldn't have much effect on the result, but will certainly have a quite bad effect on the execution time, and on the required memory!<BR><BR>Gaëtan<BR><BR><BR>Le 15 nov. 09 à 16:48, Luis Ibanez a écrit :<BR><BR>&gt; Hi Baoyun,<BR>&gt; <BR>&gt; The two filters:<BR>&gt; <BR>&gt; * itk::ConnectedComponentImageFilter&nbsp; &nbsp; and<BR>&gt; * itk::BinaryDilateImageFilter<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Operate in Voxel (pixel) space.<BR>&gt; <BR>&gt; They DO NOT take the image spacing into account.<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; You may want to resample you image off spacings:<BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x6 x 0.6 x 2.5 mm<BR>&gt; <BR>&gt; into an isotropic image with spacing<BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x x 0.6 x 0.6333<BR>&gt; <BR>&gt; (e.g. splitting Z slices into three).<BR>&gt; <BR>&gt; In this way, the operations of the
 Connectivity and Morphology<BR>&gt; filters will be closer to the intuitive expectations.<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; Regards,<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Luis<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; -----------------------<BR>&gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 2:38 PM, Baoyun Li &lt;<A href="mailto:baoyun_li123@yahoo.com" ymailto="mailto:baoyun_li123@yahoo.com">baoyun_li123@yahoo.com</A>&gt; wrote:<BR>&gt;&gt; Dear All:<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Can somebody tell me whetehr itkConnectedComponentImageFilter and<BR>&gt;&gt; itkBinaryDilateImageFilter are operated on the physical space or voxel<BR>&gt;&gt; space.<BR>&gt;&gt; I have 0.6mmx0.6mmx2.5 mm ct data and want to do some morphorlogical<BR>&gt;&gt; operation.<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; I think the performance will be affected if the morphorlogical operation is<BR>&gt;&gt; done on voxel space.<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; So please guid me wheter those filters are operated on
 physical space? If<BR>&gt;&gt; not, what should I do.<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Thanks<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Baoyun<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; _____________________________________<BR>&gt;&gt; Powered by <A href="http://www.kitware.com/" target=_blank>www.kitware.com</A><BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<BR>&gt;&gt; http://www.kitware.com/opensource/opensource.html<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<BR>&gt;&gt; http://www.kitware.com/products/protraining.html<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<BR>&gt;&gt; http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<BR>&gt;&gt; http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users<BR>&gt;&gt; <BR>&gt;&gt; <BR>&gt; _____________________________________<BR>&gt; Powered by www.kitware.com<BR>&gt; <BR>&gt; Visit other Kitware
 open-source projects at<BR>&gt; <A href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target=_blank>http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</A><BR>&gt; <BR>&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<BR>&gt; <A href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target=_blank>http://www.kitware.com/products/protraining.html</A><BR>&gt; <BR>&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<BR>&gt; <A href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target=_blank>http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</A><BR>&gt; <BR>&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<BR>&gt; <A href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target=_blank>http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A><BR><BR>--Gaëtan Lehmann<BR>Biologie du Développement et de la Reproduction<BR>INRA de Jouy-en-Josas (France)<BR>tel: +33 1 34 65 29 66&nbsp; &nbsp; fax: 01 34 65 29 09<BR>http://voxel.jouy.inra.fr&nbsp;
 http://www.itk.org<BR>http://www.mandriva.org&nbsp; http://www.bepo.fr<BR><BR></DIV></DIV><!-- cg2.c4.mail.gq1.yahoo.com compressed/chunked Fri Nov 13 11:32:15 PST 2009 --></div><br>



      </body></html>