Thanks Andriy. I will be developing my ITK code to work as a module within 3D Slicer.<br><br>Thanks,<br>john<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 13, 2009 at 12:17 PM, Andriy Fedorov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fedorov@bwh.harvard.edu">fedorov@bwh.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">&gt; I had previously been using the ITK that came with the 3DSlicer download, 3D<br>

&gt; Slicer Version 3.4 RC1 1.0 (3D Slicer Version 3.4 RC11.0), which did not<br>
&gt; have these classes in its Slicer3-lib/Insight/Code/Review directory.<br>
&gt;<br>
</div><div class="im">&gt; Now, I have the impetus to use the latest 3.16.0 version of ITK.<br>
&gt;<br>
<br>
</div>Hi John,<br>
<br>
3D Slicer 3.4 is using ITK 3.14, that&#39;s why you didn&#39;t see the<br>
classes. If you check out the current trunk source code for Slicer (or<br>
get a recent nightly build) it is using the latest ITK 3.16. The<br>
instructions on building Slicer from source are available here<br>
<br>
<a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions#Building_the_latest_development_version" target="_blank">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions#Building_the_latest_development_version</a><br>

<br>
Just FYI in case you would like to develop your tools within 3D Slicer.<br>
<br>
Andriy Fedorov<br>
<div class="im"><br>
&gt; Thanks to both of you again,<br>
&gt; john<br>
&gt;<br>
&gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 11:20 AM, Bill Lorensen &lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt;wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; John,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The classes in Gaetan&#39;s paper now reside in the Insight/Code/Review.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Bill<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 4:29 AM, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com">john.drozd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt; Thank you very much.  This is very helpful.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; john<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; On Thu, Nov 12, 2009 at 3:42 PM, C.Cagatay Bilgin &lt;<a href="mailto:bilgic@cs.rpi.edu">bilgic@cs.rpi.edu</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; I use the following submission by Gaetan for<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; that purpose. Note that It has way more<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; morphological features than you asked for.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/176" target="_blank">http://www.insight-journal.org/browse/publication/176</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Regards,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ----------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Cemal Cagatay Bilgin,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Ph.D Candidate in Computer Science Department at RPI<br>
</div>&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="mailto:bilgic@cs.rpi.edu">bilgic@cs.rpi.edu</a> - <a href="http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic" target="_blank">http://www.cs.rpi.edu/~bilgic</a>&lt;<a href="http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic" target="_blank">http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic</a>&gt;<br>

<div><div></div><div class="h5">&gt;&gt; &gt;&gt; Lally 01A, 110 8th Street Troy, NY 12180-3590, USA.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Tel: (518) 276-8489, Fax:(518) 276-4033<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; On Nov 12, 2009, at 12:31 PM, John Drozd wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Hello,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Using Examples/Segmentation/ConnectedThresholdImageFilter.cxx,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; I successfully segmented ventricles from an mri image of a human brain.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Using ITK, I would like to calculate the statistical volume in mm^3 of<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; these segmented ventricles.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Are there any ITK functions that will allow me to calculate the volume<br>
&gt;&gt; of<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; a segmented region?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; John<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; _____________________________________<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
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&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
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&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
</div></div>&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt; URL: &lt;<a href="http://www.itk.org/pipermail/insight-users/attachments/20091113/1a33b2c2/attachment-0001.htm" target="_blank">http://www.itk.org/pipermail/insight-users/attachments/20091113/1a33b2c2/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>

&gt;<br>
&gt; ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Insight-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>
<div class="im">&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div>&gt; End of Insight-users Digest, Vol 67, Issue 73<br>
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