ITK should handle this. ITK uses the information stored in DICOM to compute an origin, spacing and direction. You should not have to convert the volume, assuming the patient scans are landmarked (in the scanner) at a similar location.<br>
<br>What version of ITK are you using? <br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 30, 2009 at 11:04 AM, kevin cavin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:beibeiwen2003@yahoo.com">beibeiwen2003@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">
<div><br>Hi, Folks: </div>
<div> </div>
<div>      When I use ITK to register two dicom volume  from different modalities.  I have found that MR and CT scan often have different scan transformation matrixes. For example for CT scan the z direction is the y direction of MR scan. This will pose problem to register the two volumes with ITK. I am wondering whether in ITK the probelm can be solved soneway by using some function embedded. Do I need to write individual program to manula convert one of the volume.  Thanks in advance ! </div>

<div> </div>
<div>Kind regards </div>
<div> </div>
<div>Calvin </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div><br> </div>
<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); padding-left: 5px; margin-left: 5px;">
<div> </div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>

      <br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at: <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br>