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<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7654.12">
<TITLE>RE: [Insight-users] itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter - RMS Change</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hi Kishore,<BR>
yes, the problem with the range was solved.<BR>
<BR>
Thank you,<BR>
Eleni<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: Kishore Mosaliganti [<A HREF="mailto:kishoreraom@gmail.com">mailto:kishoreraom@gmail.com</A>]<BR>
Sent: Thu 9/10/2009 8:41 AM<BR>
To: Sgouritsa, Eleni ; insight-users@itk.org<BR>
Subject: Re: [Insight-users] itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter - RMS Change<BR>
<BR>
Hi Eleni,<BR>
<BR>
Can you confirm if it solves your problem.<BR>
<BR>
Kishore<BR>
<BR>
On Wed, Sep 9, 2009 at 9:18 PM, Kishore Mosaliganti<BR>
&lt;kishoreraom@gmail.com&gt;wrote:<BR>
<BR>
&gt; Hi Eleni,<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thanks for pointing that out. It escaped my attention. I fixed that in the<BR>
&gt; CVS version.<BR>
&gt;<BR>
&gt; Kishore<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; On Wed, Sep 9, 2009 at 6:46 PM, Sgouritsa, Eleni &lt;esgourit@central.uh.edu&gt;wrote:<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hello Kishore,<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; I downloaded the latest CVS version. When I run my program it always fails<BR>
&gt;&gt; in a specific place: itkMultiphaseSparseFiniteDifferenceImageFilter.txx,<BR>
&gt;&gt; UpdateActiveLayerValues function, line 508, reporting the following<BR>
&gt;&gt; error:&quot;vector subscript out of range&quot;. It seems to me that m_PixelDistance<BR>
&gt;&gt; is a 6-dimensional array and it tries to get m_PixelDistance[6], that is a<BR>
&gt;&gt; non accurate position. Could it be possible to check if you have the same<BR>
&gt;&gt; problem?<BR>
&gt;&gt; Thanks again for your time and help.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Regards,<BR>
&gt;&gt; Eleni<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; From: Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; Sent: Tue 9/8/2009 3:23 PM<BR>
&gt;&gt; To: Kishore Mosaliganti<BR>
&gt;&gt; Cc: insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; Subject: RE: [Insight-users] itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Hello Kishore,<BR>
&gt;&gt; thank you very much.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Eleni<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; From: Kishore Mosaliganti [<A HREF="mailto:kishoreraom@gmail.com">mailto:kishoreraom@gmail.com</A>&lt;kishoreraom@gmail.com&gt;<BR>
&gt;&gt; ]<BR>
&gt;&gt; Sent: Tue 9/8/2009 3:11 PM<BR>
&gt;&gt; To: Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; Cc: insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Hi Eleni,<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; The RMS change values are now computed after reinitialization to signed<BR>
&gt;&gt; distance functions. So, it will now show up as small values. Remember to<BR>
&gt;&gt; download the latest CVS version.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Kishore<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; On Mon, Sep 7, 2009 at 8:06 PM, Sgouritsa, Eleni &lt;esgourit@central.uh.edu<BR>
&gt;&gt; &gt;wrote:<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;&nbsp; Hello Kishore,<BR>
&gt;&gt; &gt; I am sorry for the multiple e-mails. Please let me know about any<BR>
&gt;&gt; progress<BR>
&gt;&gt; &gt; in the issue with the high RMS change values. Do you also face the same<BR>
&gt;&gt; &gt; problem?<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Best regards,<BR>
&gt;&gt; &gt; Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; &gt; From: Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; Sent: Tue 8/25/2009 12:40 PM<BR>
&gt;&gt; &gt; To: Kishore Mosaliganti; insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; &gt; Subject: RE: [Insight-users]<BR>
&gt;&gt; itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; &gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Hello Kishore,<BR>
&gt;&gt; &gt; do you have any updates?<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Best wishes,<BR>
&gt;&gt; &gt; Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; &gt; From: Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; Sent: Tue 8/18/2009 9:59 AM<BR>
&gt;&gt; &gt; To: Kishore Mosaliganti; insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; &gt; Subject: RE: [Insight-users]<BR>
&gt;&gt; itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; &gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Hello Kishore,<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; thank you for your answer. Let me clarify myself: I am currently just<BR>
&gt;&gt; &gt; working on the sparse case. My problem is that I get very high values of<BR>
&gt;&gt; RMS<BR>
&gt;&gt; &gt; Change between<BR>
&gt;&gt; &gt; the iterations of the level set. As you said, RMS values are used for<BR>
&gt;&gt; &gt; indicating the convergence of the evolution. I would expect them to be<BR>
&gt;&gt; &gt; around lets say 0.1 near convergence but I get all the time very high<BR>
&gt;&gt; &gt; changes during the evolution, RMS change values like 263450, meaning<BR>
&gt;&gt; huge<BR>
&gt;&gt; &gt; numbers.<BR>
&gt;&gt; &gt; Do you know why is this happening?<BR>
&gt;&gt; &gt; Thank you very much.<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Regards,<BR>
&gt;&gt; &gt; Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; &gt; From: Kishore Mosaliganti [<A HREF="mailto:kishoreraom@gmail.com">mailto:kishoreraom@gmail.com</A>&lt;kishoreraom@gmail.com&gt;<BR>
&gt;&gt; &lt;kishoreraom@gmail.com&gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; ]<BR>
&gt;&gt; &gt; Sent: Tue 8/18/2009 9:07 AM<BR>
&gt;&gt; &gt; To: Sgouritsa, Eleni ; insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; &gt; Subject: Re: [Insight-users]<BR>
&gt;&gt; itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; &gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Hi Eleni,<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; I am back at work :).<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Ok, we made several corrections to the code in the past two months and<BR>
&gt;&gt; you<BR>
&gt;&gt; &gt; can download the latest CVS version. Many thanks for your feedback on<BR>
&gt;&gt; using<BR>
&gt;&gt; &gt; the code. It helped us identify bugs and clean up the code further.<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Your question was regarding the RMS Error values computed by the Dense<BR>
&gt;&gt; and<BR>
&gt;&gt; &gt; Sparse filters on the same image producing different values.<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; The dense filter works on the levelset function defined on the whole<BR>
&gt;&gt; image<BR>
&gt;&gt; &gt; domain. As a result, the RMS values are computed on changes in the<BR>
&gt;&gt; function<BR>
&gt;&gt; &gt; everywhere.<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; The sparse filter works only locally to the 0 level-set (hence the name<BR>
&gt;&gt; &gt; sparse). The RMS values look at a small band of pixels. Therefore, the<BR>
&gt;&gt; &gt; values in this case are at a different range.<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Irrespective, the RMS values are used for indicating the convergence of<BR>
&gt;&gt; the<BR>
&gt;&gt; &gt; evolution. Is there any reason why you want them to be at the same range<BR>
&gt;&gt; ?<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; Best,<BR>
&gt;&gt; &gt; Kishore<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; On Mon, Aug 17, 2009 at 6:37 PM, Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; &lt;esgourit@central.uh.edu&gt;wrote:<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;&nbsp; Hello,<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; I hope everything went well concerning the embassy.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Do you have any updates for the high RMS values? Was this problem<BR>
&gt;&gt; fixed?<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Regards,<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; From: alex gouaillard [<A HREF="mailto:alexandre_gouaillard@hms.harvard.edu">mailto:alexandre_gouaillard@hms.harvard.edu</A>&lt;alexandre_gouaillard@hms.harvard.edu&gt;<BR>
&gt;&gt; &lt;alexandre_gouaillard@hms.harvard.edu&gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &lt;alexandre_gouaillard@hms.harvard.edu&gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; ]<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Sent: Thu 7/2/2009 2:32 PM<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; To: Sgouritsa, Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Cc: insight-users@itk.org<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [Insight-users]<BR>
&gt;&gt; &gt; itkScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; - RMS Change<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; hi eleni,<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; Kishore has been release by the US embassy in India (without any<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; ransom shall I had) and should be back in town july 9th.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; We will adress this issue right after that and keep you informed.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; thanks again for your feedback.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; alex.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; On Jul 2, 2009, at 12:53 PM, Sgouritsa, Eleni wrote:<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; Hello,<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; I still have a problem with very high values of RMS Change between<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; the iterations of the level set. Any help or direction on how to<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; solve this would be appreciated a lot.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; Thank you very much.<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; Best regards,<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; Eleni<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &lt;ATT00001.txt&gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt; &gt; _____________________________________<BR>
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&gt;&gt; &gt; &gt;<BR>
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&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt; &gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;<BR>
<BR>
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