Hi again,<br><br>Thanks Luis your answer, it is working correctly in 2D.<br><br>Now
I&#39;m extending the code to 3D images. I modified the Dimension to 3 and
the optimizer scales (9 for rotation and 3 for translation). <br>
<br>I test the code using the same images with the same command
arguments that you told me before and a new error appears before doing
the registration:<br><br>##############################<div id=":8o" class="ii gt">####################<br><br>FixedImage schedule: [4, 4, 4]<br>
[2, 2, 2]<br>[1, 1, 1]<br><br>MovingImage schedule: [4, 4, 4]<br>[2, 2, 2]<br>[1, 1, 1]<br><br>-------------------------------------<br>MultiResolution Level : 0<br><br>ExceptionObject caught !<br><br>itk::ExceptionObject (0100FDF4)<br>

Location: &quot;void __thiscall itk::MattesMutualInformationImageToImageMetric&lt;class itk::Image&lt;float,3&gt;,class itk::Image&lt;floa<br>t,3&gt;
&gt;::GetValueAndDerivative(const class itk::Array&lt;double&gt;
&amp;,double &amp;,class itk::Array&lt;double&gt; &amp;) const&quot;<br>
File: c:\bert\itk_vtk\src\itk\insighttoolkit-3.12.0\code\algorithms\itkMattesMutualInformationImageToImageMetric.txx<br>Line: 1138<br>Description: itk::ERROR: MattesMutualInformationImageToImageMetric(014A27B8): Joint PDF summed to zero<br>

<br>#######################################<br><br>I thought that
the error is produced because I&#39;m working with 2d images, but the
registration works if the number of levels of the multiresolution
registration is 1. Can the 3d registration work with 2d images? I know
that with Mean Squares metric it isn&#39;t possible but this problem
shouldn&#39;t appear with Mattes Mutual information metric because it works
with histograms...<br>
<br>However, I test it with 3d images (the same 2d images of the brain
repeated 4 times) and the error appear when the number of levels are 4
(works correctly with 1,2 and 3 levels). Also I&#39;ve worked with
different percentage of samples (from 20% to 100%) and number of bins
(32 and 128) and the error continues appearing.<br>
<br>I read in <a href="http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-February/028917.html" target="_blank">http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-February/028917.html</a> that it could be caused by something missed, but I think I do all the necessary changes to do the 3D registration. <br>

<br>What could the mistake be? Working with 2d images? Something missed?<br><br>Thanks in advance,<br><br>Albert<br><br>PD: I can&#39;t attach the code without exceeding the size limit.<br></div><br><br><div class="gmail_quote">
2009/3/17 Luis Ibanez <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Albert,<br>
<br>
Thanks for your detailed post.<br>
<br>
We ran the MultiResImageRegistration2.cxx example on<br>
the two images that your suggested:<br>
<br>
   *  BrainProtonDensitySlice.png<br>
   *  BrainProtonDensitySliceR10X13Y17.png<br>
<br>
This led us to find a bug (Thank you very much!), and a new set<br>
of parameters that are appropriate for these two images.<br>
<br>
<br>
The changes that we identified are;<br>
<br>
 cvs diff: Diffing .<br>
Index: MultiResImageRegistration2.cxx<br>
===================================================================<br>
RCS file: /cvsroot/Insight/Insight/Examples/Registration/MultiResImageRegistration2.cxx,v<br>
retrieving revision 1.49<br>
diff -r1.49 MultiResImageRegistration2.cxx<br>
152c152<br>
&lt;       optimizer-&gt;SetMaximumStepLength( 16.00 );<br>
---<br>
&gt;       optimizer-&gt;SetMaximumStepLength(  0.10 );<br>
348,349c348,349<br>
&lt;   optimizerScales[4] = 1.0 / 1e7; // scale for translation on X<br>
&lt;   optimizerScales[5] = 1.0 / 1e7; // scale for translation on Y<br>
---<br>
&gt;   optimizerScales[4] = 1.0 / 1e3; // scale for translation on X<br>
&gt;   optimizerScales[5] = 1.0 / 1e3; // scale for translation on Y<br>
555a556,557<br>
&gt;   finalTransform-&gt;SetFixedParameters( transform-&gt;GetFixedParameters() );<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
The bug we found is that the finalTransform is a new instance<br>
of an affine transform whose center has not been initialized.<br>
This leads to an incorrect resampling of the output image.<br>
<br>
This bug is fixed by the new line:<br>
<br>
&gt;   finalTransform-&gt;SetFixedParameters( transform-&gt;GetFixedParameters() );<br>
<br>
<br>
The executable can be run with the following parameters:<br>
<br>
  MultiResImageRegistration2<br>
       BrainProtonDensitySlice.png  BrainProtonDensitySliceR10X13Y17.png<br>
       registered.mha 100 checkerBoardBefore.mha<br>
checkerBoardAfter.mha 1 32 3000<br>
<br>
<br>
 Please try the code with these changes<br>
  and let us know if you still find any problems.<br>
<br>
<br>
        Thanks<br>
<br>
<br>
             Luis<br>
<br>
<br>
<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<div><div></div><div class="h5">On Mon, Mar 16, 2009 at 6:38 PM, Albert Gubern &lt;<a href="mailto:bertkrek@gmail.com">bertkrek@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m using MultiResImageRegistration2.cxx in order to correct global pose<br>
&gt; differences of two images. My goal is a registration of prostate MRI of<br>
&gt; differents patients for a atlas building. I am testing this example with<br>
&gt; images from Examples/Data of ITK source: BrainProtonDensitySliceBorder2<br>
&gt; 0.png as a fixed and BrainProtonDensitySliceR10X13Y17.png as a moving.<br>
&gt;<br>
&gt; The registration works if the moving image only has a translation but it<br>
&gt; doesn&#39;t work with the images that i&#39;m testing it (translation and rotation).<br>
&gt;<br>
&gt; I have tuned the parameters following the instructions of<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2007-March/021435.html" target="_blank">http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2007-March/021435.html</a> but it is<br>
&gt; no way to obtain a good result. If I set the translationScales and<br>
&gt; rotationScales with the same value (for example 1), the result image appears<br>
&gt; correctly rotated but in the right corner of the top of the image<br>
&gt; (<a href="http://img208.imageshack.us/img208/5148/test1.png" target="_blank">http://img208.imageshack.us/img208/5148/test1.png</a>). Otherwise, if I set the<br>
&gt; translationScales with smaller values than rotationScales ( 1/1000 and 1<br>
&gt; respectively) the images appears correctly in the center but not enough<br>
&gt; rotated (<a href="http://img24.imageshack.us/img24/9317/test2m.png" target="_blank">http://img24.imageshack.us/img24/9317/test2m.png</a>). The maxStep<br>
&gt; length is 0.1, the minstepLength 0.001, 100% of samples and 128 number of<br>
&gt; bins.<br>
&gt;<br>
&gt; I tested with a lot of combinations of parameters with and without sense,<br>
&gt; and I don&#39;t understand the behaviour. What is the problem? Is The way how I<br>
&gt; tune the parameters? This framework it isn&#39;t right for translation+rotation?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks in advance,<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Albert<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _____________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Albert<br>