<p>Dear Luis,<br />many thanks for your suggestions! Your help was very important for the resolution of my problem.<br />I compiled the .cxx file you sent me on monday, but while testing the program with two .mha sample images I downloaded from <a href="http://public.kitware.com/pub/itk/Data/BrainWeb" target="_blank">http://public.kitware.com/pub/itk/Data/BrainWeb</a>, I had this error:<br /><br /><br />MetaImage: Read: Cannot open data file<br /><br /><br />Before your appreciated email, I used to give only .nii images as input to the p<br />rogram (and getting .nii image as output): this is the first time I use the .mha<br /> image format. So:<br /><br /><br />1) maybe you are using a different (newest?) version of the library? Mine is ITK.3.0.0<br /><br />2) which kind of external tool should I use in order to display those .mha images? MRICRON is not usefull..<br /><br /><br />King redards (and again: thank you :)!<br /><br /><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; Hi Mari,</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; In general lines:</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; a) Add the CenteredTransformInitializer</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in order to initialize the center of rotation of the</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; VersorRigid3DTransform.</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; b) Add MultiResolution Pyramids (Fixed and Moving)</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; c) Replace ImageRegistrationMethod with</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; MultiResolutionImageRegistrationMethod</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp; Please find attached the modified version of the file.</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;    You may want to study the diffs between this file and</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the file that you sent.</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; The attached file was tested with the following input</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; ./ImageRegistration</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; brainweb165a10f17.mhd</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; brainweb165a10f17Rot10Tx15.mhd</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; registered.mhd&nbsp; 0 0 0 10 0 0</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; (all in a single command line).</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regards,</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; ---------------------------------------------------------</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; On Wed, Feb 11, 2009 at 4:39 PM, Mariangela Lucente &lt;</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt; <a href="http://wmail-new.libero.it/src/compose.php?send_to=mariangelalucente%40inwind.it">mariangelalucente@inwind.it</a>&gt; wrote:</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Dear ITK Users,</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; I'm an Insight-newbie and I need your precious help!</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; I'm desperately trying to edit the attached cxx file in order to</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; insert</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; a</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; pyramidal filter (itk::MultiResolutionPyramidImageFilter) into the</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; existing</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; (and already functioning) registration pipeline; I've tried several code</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; combinations, without obtaining anything useful: the introduced pyramidal</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; filter does not work (or it seems doing so)!! :-(</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Please, can you indicate me which kind of editing operations I should</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; perform into the attached file in order to correctly use the</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; itk::MultiResolutionPyramidImageFilter? Which portions of the existing</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; code</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; should be modified in order to correctly insert the filter? Maybe there's</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; also something to delete cause it 's not needed anymore..</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; If you think it would be useful, I can post you the modified version</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; of</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; the</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; same file (the not-functioning version that contains the pyramidal</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #800000;">&gt; filter..)</span><br /><span style="color: #800000;">&gt;&nbsp;&nbsp; </span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; I would appreciate any suggestions..</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Thanks a lot!</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Cheers,</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Mari</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; _____________________________________</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Powered by www.kitware.com</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a></span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a></span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:</span><br /><span style="color: #ff0000;">&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a></span></p>