<div dir="ltr">Hi Matt, Kent, <br><br>Thanks for letting the Slicer community know about the fix.<br><br>For the coming Slicer release, I will just cherry pick that specific change. Then, we could think about using the ITK remove modules. I just created an issue to keep track of it. See [1]  Could you, Hans or Matt take care of submitting a pull request on Slicer ?<br>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks<br></div><div class="gmail_extra">Jc<br><br>[1] <a href="http://na-mic.org/Mantis/view.php?id=3410">http://na-mic.org/Mantis/view.php?id=3410</a><br></div>

<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 20, 2013 at 6:25 PM, Matt McCormick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Kent,<br>
<br>
My vote is of course for B) -- we can add it to ITK&#39;s release branch<br>
soon after, and Slicer can use the updated release branch SHA.<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<div class=""><div class="h5"><br>
On Fri, Sep 20, 2013 at 9:25 PM, Williams, Norman K<br>
&lt;<a href="mailto:norman-k-williams@uiowa.edu">norman-k-williams@uiowa.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; If I was just proposing a change to ITK this would be a bit easier -- I&#39;d<br>
&gt; just go through ITK&#39;s gerrit review system.<br>
&gt;<br>
&gt; As it is this has a few more moving parts.<br>
&gt;<br>
&gt; The problem was that MGHImageIO was writing out Image origins incorrectly.<br>
&gt; Eun Young Kim discovered this while using SimpleITK within Slicer to read<br>
&gt; and write MGZ files.<br>
&gt;<br>
&gt; I re-wrote the &#39;WriteHeader&#39; code where it converts the origin from ITK<br>
&gt; conventions to FreeSurfer conventions, so the conversion code on the Write<br>
&gt; side matches that on the Read side.<br>
&gt;<br>
&gt; But getting this incorporated back into Slicer and ITK has more than one<br>
&gt; step.<br>
&gt;<br>
&gt; ITK:<br>
&gt; 1. Merge the pull request into the Slicer/itkMGHImageIO repository on<br>
&gt; github. The pull request is here:<br>
&gt; <a href="https://github.com/Slicer/itkMGHImageIO/pull/3" target="_blank">https://github.com/Slicer/itkMGHImageIO/pull/3</a><br>
&gt; 2. Get a topic through ITK Gerrit to update the SHA to match the revision<br>
&gt; of my change.<br>
&gt;<br>
&gt; SLICER:<br>
&gt;<br>
&gt; Slicer has an older version of MGHImageIO than the one used by ITK; I<br>
&gt; don&#39;t know if Slicer uses this and turns on the MGHImageIO remote module<br>
&gt; when it builds ITK.<br>
&gt; A) If Slicer uses the old code in Slicer/Libs/MGHImageIO, then this should<br>
&gt; be replaced by the code in the Github repository above.<br>
&gt; B) If Slicer uses the ITK version via the ITK remote module for<br>
&gt; itkMGHImageIO, then Š well there&#39;s a bit of a problem, as when the fix<br>
&gt; gets propogated through into ITK, it will be at the Development head for<br>
&gt; ITK, and be some time before it&#39;s part of a ITK Minor version release.<br>
&gt; Slicer no doubt picks a particular ITK version and sticks with it until a<br>
&gt; newer version comes along with sufficient new functionality and bug fixes<br>
&gt; to justify re-validating ITK all over again with Slicer.<br>
&gt;<br>
&gt; So I have the fix, I just need to know what I need to do for it to be<br>
&gt; pushed where it needs to be.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Kent Williams <a href="mailto:norman-k-williams@uiowa.edu">norman-k-williams@uiowa.edu</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
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